Sejarah Hospital Raja Permaisuri Bainun bermula pada tahun 1891 sebagai Hospital Daerah yang dikenali sebagai Hospital Ipoh dengan kapasiti sebanyak 50 buah katil sahaja. Kemudian, Hospital ini dinaiktarafkan sebagai Hospital Negeri pada tahun 1942. Bangunan utama 8 tingkat siap dibina pada tahun 1980. Pembangunan lain termasuk Kompleks Klinik Pakar (tahun 1992) dan Kompleks Rawatan Harian (tahun 2005). Pada Khamis, 12 Jun 2008, nama hospital telah ditukar daripada Hospital Ipoh ke Hospital Raja Permaisuri Bainun.

Terkini hospital ini merupakan hospital Kementerian Kesihatan Malaysia yang ketiga terbesar selepas Hospital Kuala Lumpur dan Hospital Pulau Pinang dengan kapasiti 990 buah katil, 16 dewan bedah, 16 katil unit rawatan rapi dewasa, 8 katil unit rawatan jantung, 17 katil unit rawatan rapi kanak-kanak (PICU) dan 20 katil unit rawatan neonatal.

Hospital ini menyediakan perkhidmatan kepakaran dalam semua bidang kepakaran asas dan juga sub kepakaran seperti nefrologi, perubatan respiratori, hematologi, bedah neuro, pembedahan plastik, dan pediatrik surgeri. Perkhidmatan pengimejan dilengkapkan dengan peralatan MRI CT scan dan mesin mammography.

Hospital Raja Permaisuri Bainun ini juga berfungsi sebagai hospital latihan untuk penuntut perubatan, pelatih jururawat dan anggota kesihatan bersekutu dari institut pengajian tinggi awam dan swasta. Hospital ini juga merupakan hospital latihan untuk doktor siswazah.

Bagi aspek pencapaian kualiti, Hospital ini telah menerima anugerah sijil MS ISO 9001 pada tahun 2005 dan sijil akreditasi hospital pada tahun 2006. Hospital ini juga telah diberi status hospital rakan bayi sejak tahun 1996.